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为立太子的事情，万历和他的全体朝臣相对抗，谁也压服不了谁。这让万历大伤脑筋，也大为恼火。后来万历采取不上朝的方法，同他的大臣们消极对抗。幸而官僚体制还起作用，就是没有皇帝，内阁及部府仍然照常工作。有事陈奏上去，皇帝不批，就等于默认，便照章办理。谁再说立太子的事，他就“留中”，让疏文自动作废，外间就无法知道真相了。
直到万历二十九年，万历怕自己一旦殡天，朝纲大乱，再加上其他一些原因，于是不得已册立朱常洛为太子，这场旷日持久的“国本”之争终于结束了。
其实从深层次的原因来讲，万历不上朝的主要原因是皇权与文官制度发生了剧烈冲突，皇权受到了压抑，万历就用消极的方式来对抗。但是万历的做法有两点仍然值得肯定：其一万历并没有因大臣与之作对甚至谩骂皇贵妃而杀掉一人；其二不上朝并不是不办公，万历年间的许多大事小情都是万历处理的，大的比如万历三大征，特别是与日本的壬辰战争也一直在万历指挥下进行的。
崇祯为何死也不南迁
崇祯十七年（1644）三月十八日，李自成率领农民起义军攻陷北京，崇祯皇帝无路可逃，最后在紫禁城后的煤山上自杀，屹立了200多年的明王朝灭亡了。
其实对崇祯帝来说，当时有一个办法可以自保，那就是放弃危在旦夕的北京，到南京建立临时王朝。这一办法或许过于自私，但是尚可保住江南的半壁江山，明朝或许不会这么快就灭亡。但是崇祯却迟迟没有南迁，放弃了一条生路，还亲手断送了大明江山，自己也自缢身亡。那么，崇祯皇帝为什么迟迟不肯南迁？他难道是真的不想南迁？
迁都的建议是崇祯在德正殿进行一次私下召见时，由江西籍官员、翰林学士李明睿首次提出的。当皇上问到今后的策略时，李明睿的回答相当坦率，甚至在提到北方失利时也无所顾忌。他说，义军已经逼近京城，朝廷正值“危急存亡之秋”，唯一明智的选择，就是迁都南京。然而，崇祯帝对此却踌躇不已：面对外患，如果弃守北京，就会落下丢失国土的千古罪名；面对内忧，坐以待毙，又会蒙受失政于寇的奇耻大辱。这个两难的选择使他犹豫不决，他一心想作名垂青史的圣君，根本不能承受这种失地失国的罪名。
于是他将这一问题提出交给大臣商议，想让大臣们正式提出南迁，然后他再顺水推舟作个表态，免得承担历史责任。可是，崇祯身边的大臣个个老奸巨猾，没有一人站出来表态。由于没能从他们口中得到自己想要的答案，崇祯最后只好决定“早朝廷议公而决之”。朝堂上众朝臣展开了唇枪舌剑的激烈争夺，结果相持不下，最终不欢而散。崇祯帝自己又不愿意承担丢弃宗庙社稷的大罪，于是这个正确的策略便被搁置一边了。